Selv om en virksomhet har innført fleksibel arbeidstid, kan det oppstå situasjoner hvor det vil være behov for også å arbeide ut over normal arbeidstid.
 

Virksomheten kan i slike tilfeller pålegge overtidsarbeid på vanlig måte innenfor de bestemmelsene arbeidsmiljøloven ellers setter. Det betyr blant annet at arbeid ut over det loven regner som alminnelige arbeidstid, det vil si 9 timer i løpet av 24 timer eller 40 timer i løpet av 7 dager, vil bli regnet som overtid.

Lovens regler om overtid vil altså slå inn også når man utfører merarbeid innenfor et fleksibelt arbeidstidssystem. Det betyr at det kan bli snakk om lovbestemt overtid også når arbeidstaker «selv velger» å jobbe ekstra en kveld. I en slik situasjon må en også huske på at det kun er lovlig å jobbe overtid etter loven når det er et særskilt og tidsavgrenset behov for det. Arbeidsgiver har ansvar for å passe på at arbeidstakerne ikke utfører overtidsarbeid som ikke oppfyller disse vilkårene.